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mwbqUniProt (mwbgUniversal mwbwProtein) è il più grande mwcadatabase bioinformatico per le mwcqsequenze proteiche di tutti gli organismi viventi e dei virus. Molte informazioni derivano da progetti di sequenziamento del genoma.

• Il Consorzio UniProt

• Le origini dei database UniProt

• Organizzazione dei database UniProt

• UniProtKB

• Note

• Collegamenti esterni

Il Consorzio UniProt (UniProt Consortium) comprende l'mwdqIstituto europeo di bioinformatica (EBI), l'Istituto svizzero di bioinformatica (SIB) e la Protein Information Resource (PIR). EBI, che si trova presso il Wellcome Trust Genome Campus a mweaHinxton, mweqRegno Unito, ospita un grande centro di database e servizi di bioinformatica. SIB, con sede a mwegGinevra, mwewSvizzera, gestisce i server della ExPASy (Expert Protein Analysis System) che sono una risorsa centrale per strumenti e database di mwfqproteomica. PIR, ospitato dal National Biomedical Research Foundation (NBRF) al mwfgGeorgetown University Medical Center a mwfwWashington, DC, USA, è l'erede del più antico database di mwgasequenze proteiche, mwgqAtlas of Protein Sequence and Structure di mwggMargaret Dayhoff, pubblicato la prima volta nel mwgw1965.cite-ref-dayhoff-1-0[1] Nel mwia2002 EBI, SIB, e PIR hanno unito le loro forze, con il nome di Consorzio UniProtcite-ref-2[2].

Ogni membro del consorzio è fortemente impegnato nella gestione del database di proteine e nelle annotazioni. Fino a poco tempo fa, EBI e SIB insieme producevano i database Swiss-Prot e TrEMBL, mentre PIR produceva il suo database delle mwjwsequenze proteiche (Protein Sequence, PIR-PSD).cite-ref-pmid12230036-3-0[3]cite-ref-pmid12520019-4-0[4]cite-ref-pmid12520024-5-0[5] Questi database coesistevano con priorità diverse di copertura e annotazioni delle mwnasequenze proteiche.

Swiss-Prot è stata creata nel 1986 da Amos Bairoch durante il suo dottorato e sviluppata dall'Istituto svizzero di bioinformatica e dall'mwoaIstituto europeo di bioinformatica.cite-ref-bairoch2000-6-0[6]cite-ref-7[7] Swiss-Prot ha lo scopo di fornire sequenze proteiche affidabili associate a un elevato livello di annotazioni (come la descrizione della funzione di una proteina, la struttura del suo mwqqdominio, le mwqgmodificazioni post traduzionali, le varianti, etc.), un livello minimo di ridondanza e un alto livello di integrazione con altre banche dati. Riconoscendo che i dati della sequenza venivano prodotte ad un ritmo superiore alla capacità di gestirli di Swiss-Prot, venne creata TrEMBL (Translated EMBL Nucleotide Sequence Data Library) per fornire annotazioni automatizzate per le proteine non ancora presenti in Swiss-Prot. Nel frattempo, PIR mantenne il PIR-PSD e i relativi database, compreso iProClass, un database di sequenze proteiche e famiglie.

I membri del consorzio hanno unito le loro risorse e competenze che si sovrapponevano, e lanciato UniProt nel dicembre 2003.cite-ref-pmid21051339-8-0[8]

UniProt fornisce quattro database principali:

UniProt Knowledgebase (mwtaUniProtKB) è un database di proteine curato da esperti, composto da due sezioni. mwtqUniProtKB/Swiss-Prot (contenente voci revisionate, annotate manualmente) e mwtgUniProtKB/TrEMBL (contenente voci non revisionate, annotate automaticamente).cite-ref-pmid19843607-9-0[9] Nella versione 2010_09 del 10 agosto 2010, UniProtKB/Swiss-Prot conteneva 519.348 voci, e UniProtKB/TrEMBL conteneva 11.636.205 voci.cite-ref-spstats-10-0[10]cite-ref-tremblstats-11-0[11]

UniProtKB/Swiss-Prot è un database di sequenze proteiche di alta qualità, annotato manualmente, non ridondante. Esso combina le informazioni estratte dalla letteratura scientifica e l'analisi computazionale valutata da biocurator. Lo scopo di UniProtKB/Swiss-Prot è quello di fornire tutte le informazioni note relative ad una particolare proteina. Le annotazioni vengono riviste periodicamente per tenere il passo con le attuali conoscenze scientifiche. Le annotazioni manuali di una voce comprendono analisi dettagliate delle sequenze proteiche e della letteratura scientifica.cite-ref-faq45-12-0[12]

Le sequenze dello stesso mwywgene e della stessa mwzaspecie vengono fuse nella stessa voce del database. Le differenze tra le sequenze vengono identificate, e la loro causa documentata (per esempio mwzqSplicing alternativo, mwzgvariazione naturale, luoghi di iniziazione non corretti, confini di mwaaesone non corretti, frameshifts, conflitti non identificati). Una gamma di strumenti di analisi di sequenza viene utilizzata nelle annotazioni delle voci di UniProtKB/Swiss-Prot. Previsioni computerizzate sono valutate manualmente, e i risultati pertinenti vengono selezionati per essere inclusi nella voce. Queste previsioni includono le mwagmodificazioni post-traduzionali, dominii transmembrani e topologia, mwbqpeptide segnali, identificazione di dominio, e classificazione della famiglia di proteine.cite-ref-faq45-12-1[12]cite-ref-pmid14681372-13-0[13]

Vengono identificate tramite banche dati di ricerca come mweaPubmed le pubblicazioni sull'argomento. Viene letto il testo completo di ogni documento, e l'informazione viene estratta ed inserita nella voce. Le annotazioni derivanti dalla letteratura scientifica includono (ma non si limitano):cite-ref-faq45-12-2[12]cite-ref-pmid14681372-13-1[13]cite-ref-pmid15036160-14-0[14]

• Nome proteina e gene

• Funzione

• Specifica informazione dell'mwiqEnzima come mwigattività catalitica, mwiwcofattori e mwjaresidui catalitici

• localizzazioni subcellulari

• mwkaInterazione proteina-proteina

• Pattern d'espressione

• Posizioni e ruoli di domini e siti significativi

• Siti mwlaIon-, mwlqsubstrato- e mwlglegame di cofattore

• Forme varianti della proteina prodotte dalla naturale variabilità genetica, mwmaRNA editing, mwmqSplicing alternativo, processo mwmgproteolitico e mwmwmodificazione post traduzionale

Le voci annotate vengono sottoposte al controllo di qualità, prima dell'inclusione nell'UniProtKB/Swiss-Prot. Quando i nuovi dati sono disponibili, le voci vengono aggiornate.

cite-note-dayhoff-11. ↑ mwpwDayhoff, Margaret O., mwqaAtlas of protein sequence and structure, Silver Spring, Md, National Biomedical Research Foundation, 1965, ISBN.

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• mwawuUniProt, su uniprot.org.

• mwawcneXtProt, su beta.nextprot.org. URL consultato il 5 agosto 2019 (archiviato dall'url originale l'11 maggio 2011).

• mwawkEBI, su ebi.ac.uk.

• mwawsSIB, su isb-sib.ch.

• mwaw0PIR, su pir.georgetown.edu. URL consultato il 14 maggio 2011 (archiviato dall'url originale il 12 marzo 2014).